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Un jour, alors qu'il explore une maison en ruines, Natsume découvre un petit garçon enfermé dans une malle. Lorsque ce dernier, prénommé Kai, lui raconte être poursuivi par un yôkai, Nastume décide de prendre le petit garçon sous sa protection. Mais alors que Natsume retrouve le poursuivant de Kai et qu'il le met hors d'état de nuire, un second poursuivant fait son apparition... A force de sympathiser avec les yôkai, Natsume se retrouve pris dans un conflit opposant les humains aux êtres surnaturels, quel camp va-t-il choisir ?