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Membre du B. P. R. D., Abe Sapien a vécu de nombreuses aventures aux côtés d'Hellboy et de ses autres compagnons. Il poursuit ses aventures en solo, avec en arrière-plan les événements se déroulant dans B. P. R. D. L'Enfer sur Terre.
Alors qu'il enquêtait au Texas pour le compte du B. P. R. D., à la suite de l'invasion de monstres qui risquent de détruire l'humanité, Abe se fait tirer dessus par la jeune télépathe Fenix.
Il tombe alors dans le coma, puis se réveille après avoir subi une étrange mutation. Il quitte le B. P. R. D., et s'enfuit, bien décidé à prouver qu'il n'est pour rien dans ce qui menace l'humanité...