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Les institutions financières de la Franche-Comté s'alignent pour l'essentiel sur celles du reste du royaume, et subissent les aléas de l'évolution générale : crise financière quasi-permanente, multiplication et accroissement des impositions. Le début de la souveraineté française est marqué par l'introduction de la vénalité des offices ; immédiate pour le receveur général des finances, un avocat au Parlement de Dijon, Pierre- François Durey, dont les héritiers se succéderont jusqu'en 1765.
Les offices de receveurs particuliers des finances créés en 1692 sont moins rapidement pourvus, la plupart par des notables locaux : les Lyautey à Vesoul, les Vaudrimey à Gray, les Cattand et les Mollard à Saint-Claude, les Le Bouf à Pontarlier, les Pajot à Lons-le-Saunier. Les fonctions sont soumises à la rigueur du régime de la responsabilité des comptables de deniers royaux établie par Colbert, et certains y laissent leurs biens et parfois leur liberté.
Dès 1674, les salines de Salins sont intégrées dans le bail de l'adjudicataire général des fermes royales, mais en préservant les privilèges des Comtois quant à la distribution du sel. La ferme générale doit recourir à divers procédés d'administration - affermage, régie, gestion directe - pour assurer les besoins de la population comtoise et celle des Cantons suisses, notamment en créant les salines de Montmorot et Arc-et-Senans.
La Chambre des comptes, fixée à Dole en 1562, est confirmée en 1692 mais supprimée en 1771. La création consécutive d'un Bureau des finances à Besançon se signale par l'abandon de la vénalité et la réunion dans une même instance de personnalités issues de juridictions telles que la Chambre des comptes et le Parlement.