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1570 : le monde est foutu et il n'y a plus rien à croire. Anne Fonteneau, rochelaise et protestante de dix-huit ans, est le capitaine du brigantin corsaire, la Furieuse. De retour d'une nouvelle campagne victorieuse, Anne se laisse convaincre d'appareiller pour le Zuiderzée afin de combattre la flotte du duc d'Albe, oppresseur sanguinaire du peuple batave.
De la prise de La Brielle jusqu'au siège de La Rochelle, en passant par la Saint-Barthélemy, Anne et sa Furieuse vont mener des combats victorieux et des combats perdus d'avance, vivre des aventures amoureuses et des aventures scientifiques, mais surtout traverser de très sérieuses remises en question existentielles.
L'enjeu de La Flibustière est clairement la figure du divin qui va se dessiner au cours du récit : figure d'abord clivée par l'opposition entre catholiques et protestants, puis modifiée par une certaine forme de regard scientifique. Mais il n'est pas certain que la raison et la science l'emportent entièrement à la fin.