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Le rôle d'Algériens, nationalistes, non moins épris d'indépendance que les gens du FLN, mais fidèles à un chef, Messali Hadj, fut occulté, après l'indépendance, en 1962, par un parti unique du FLN, dans un état dictatorial et policier. Pourtant, Messali Hadj avait lancé et mûri les thèmes de l'indépendance et de la République algérienne. Les maîtres du FLN triomphant étaient tous ses disciples. Or, ils le vouèrent à l'oubli, lui interdisant même de revenir dans son pays.
Il devait mourir en France, en 1976. Autre paradoxe de cette guerre, de 1954 à 1962, militants " messalistes " du Mouvement National Algérien (MNA) et combattants du FLN s'entre-tuèrent gaillardement, non seulement dans les régions de France où vivaient des milliers de travailleurs algériens, mais aussi en Algérie même. Il y exista toujours des maquis du MNA, en Kabylie, dans les montagnes du sud pré-saharien et dans les villes.
Un de ces chefs militaires, Bellounis, constitua même, pendant une année (1957-1958) une " Armée Nationale du Peuple Algérien ", centrée autour de quelques villes du Sud. Il reçut le soutien de plusieurs réseaux messalistes d'Algérie et du " Centre " messaliste de Paris. Les rapports des messalistes avec l'Armée et le gouvernement français furent changeants. En France, Messali avait interdit à ses militants de se livrer à des attentats contre les Français et contre leurs installations car seul le FLN était l'ennemi.
En Algérie, Bellounis obtint pour ses maquis une aide matérielle de l'Armée française. Par sa modération comme par son organisation solide, Messali espéra, pendant quelques années, qu'il serait invité à une " Table ronde " par le gouvernement français. Malheureusement, Messali et ses fidèles ne furent jamais que des pions, dans un jeu français incohérent et très ambigu.