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En 1957, le père Fraisse est aumônier d'étudiants à Lyon. Personnalité originale, il a eu un parcours exceptionnel de résistant et de combattant en 1940 et 1944-45. Sans avoir été alerté auparavant, il est sanctionné par le Visiteur de la Compagnie qui l'accuse de ne pas donner aux étudiants le sens de l'autorité hiérarchique. Il est exilé à Nice avec interdiction de s'occuper d'étudiants et de tout ministère à Lyon.
Fin 1960, son retour à Lyon n'est qu'une demi-mesure : il ne sera jamais réhabilité et plusieurs affaires douloureuses montrent qu'il est resté suspect aux yeux de certains de ses confrères. Son cas est un exemple frappant de l'impact sur l'Eglise de France du raidissement romain à la fin du pontificat de Pie XII. En effet, une pratique « totalitaire » de l'obéissance religieuse a souvent eu de lourdes conséquences humaines.
Cette autorité condamnait, souvent sur la base de dénonciations, sans possibilité pour l'accusé de connaitre son dossier (secret) et donc de se défendre. L'expérience douloureuse du P. Fraisse met en lumière certains fonctionnements d'une Eglise de guerre froide qui pouvaient provoquer de graves abus. Son ami et défenseur le P. Ganne opposait la conception d'une autorité respectueuse de la justice et des droits de la conscience, conscience chère à Newman qui était une référence majeure pour le P.
Fraisse. Et il prêchait aussi une Eglise ouverte au monde Aujourd'hui le cléricalisme est mis en question : la vie du P. Fraisse nous semble y avoir échappé. Son comportement, sa théologie mais aussi l'importance de ses amitiés avec des laïcs et leur rôle dans l'élaboration de sa pensée anticipent sur l'avenir. Témoins les deux premiers livres posthumes du P. Ganne qu'il a publiés, non sans difficultés : Qui dites-vous que je suis ? Leçons sur le Christ et Le don de l'Esprit Leçons sur l'Esprit saint.