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Le 11 août 1492, grâce aux manouvres de son fils César, Rodéric Borgia est élu pape sous le nom d'Alexandre VI. Son ambition est de redonner à Rome une influence politique, des territoires, une armée et de l'argent. Après avoir installé sa famille aux places importantes, sa puissance devient petit à petit immense. Parallèlement aux alliances que le pape fait et défait au gré des événements, son fils César écarte de son chemin ses ennemis et ceux qui le gênent.
Ainsi, par le poison ou le bras de son fidèle sbire Micheletto, il se débarrasse de son frère aîné Francesco, des maris successifs de sa sour Lucrèce, de ses conquêtes féminines dont il se lasse, des maris jaloux... Mais le poison finit par se retourner contre Alexandre et César qui, par un malheureux concours de circonstances, boiront du vin empoisonné. Alexandre en meurt mais César survit, affaibli physiquement et délaissé par ses alliés.
Pour rester en grâce, il vend les voix de cardinaux dont il dispose pour l'élection de Pie III puis celle de Jules II, ce qui ne l'empêchera pas d'être fait prisonnier au nom du roi d'Espagne et de mourir à la suite d'une escarmouche après son évasion orchestrée par Micheletto.