Frédéric Boilet est né en 1960 à Épinal. Il sort des Beaux-Arts de Nancy alors que paraît son premier album chez Bayard Presse (la Nuit des Archées, sur scénario de Guy Deffeyes, 1983). Il collabore ensuite avec René Durand (les Veines de l'Occident, deux albums chez Glénat) avant de rompre résolument avec cette première époque en réalisant seul le Rayon vert paru en 1987 chez Magic Strip (rééd. Les Impressions Nouvelles, 2009).
Il y expérimente une méthode de travail qui est encore la sienne aujourd'hui, et pour laquelle il recourt quasi exclusivement à la photo et la vidéo. 36 15 Alexia (Les Humanoïdes Associés, 1990, rééd. Ego comme X, 2004) applique cette méthode à un récit d'inspiration autobiographique. Sa rencontre avec Benoît Peeters oriente son travail vers des récits quotidiens teintés d'humour : Love Hotel (Casterman, 1993, rééd.
Ego comme X, 2005), Tôkyô est mon jardin (Casterman, 1997, 2003, rééd. Ego comme X, 2011) et Demi-tour (Dupuis, 1997, 2010). Premier lauréat de la bourse annuelle de manga Kôdansha en 1993, Frédéric Boilet s'installe au Japon en 1997. En 2001, il organise l'Événement Nouvelle Manga à Tôkyô et publie L'Épinard de Yukiko (Ego comme X), un ouvrage aujourd'hui traduit en neuf langues, puis Mariko Parade (en collaboration avec Kan Takahama, Casterman, 2003, 2012).
Ses bandes dessinées, illustrations et articles paraissent régulièrement dans la presse japonaise, aux tirages souvent extraordinaires (Big Comic, 900 000 ex., Asahi Shimbun, 8 millions d'exemplaires.), et seront rassemblés en France dans deux ouvrages : L'Apprenti Japonais (Les Impressions Nouvelles, 2006) et Elles (Ego comme X, 2007). Premier auteur occidental à avoir réussi à s'imposer au Japon, il joue au fil des années un rôle de plus en plus actif entre BD et manga, adaptant en français Quartier lointain de Jirô Taniguchi ou l'Homme sans talent de Yoshiharu Tsuge, en japonais Petit Vampire de Joann Sfar ou l'Ascension du Haut Mal de David B.
De 2004 à 2008, il crée et dirige successivement les collections Sakka et Sakka Auteurs chez Casterman, présentant pour la première fois en Occident les ouvrages de quelques uns des meilleurs auteurs de la bande dessinée japonaise, comme Kiriko Nananan ou Kyôko Okazaki. Frédéric Boilet quitte définitivement le Japon fin 2008 et s'installe discrètement dans les Vosges. Vivi des Vosges, un ouvrage pour enfants réalisé en collaboration avec Aurélia Aurita, paraît en septembre 2011 aux Impressions Nouvelles.
