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C'est par une belle journée du printemps 1699 que le maître brasseur Pierre Crépeau met les pieds pour la première fois à Montréal, après avoir reçu une excellente formation du métier auprès des Jésuites, à Québec. Sa carrière, il la mènera au sein de la communauté des frères Hospitaliers de Montréal, communément appelés, à cette époque, les frères Charon. Après quelques années d'exercice du métier et de production d'une bière meilleure à chaque brassin, la confiance qu'il accorde volontiers aux frères Charon est très ébranlée, lorsqu'il est mêlé à des événements tragiques dont il ne connaîtra pas le dénouement avant d'écrire les derniers mots de ses mémoires, le jour de sa mort.
Les interrogations et les inquiétudes qu'il confie dans son texte sont lues trois cents ans plus tard par une soeur hospitalière dont la communauté est installée dans l'enceinte de ce qui était autrefois l'Établissement Charon. La lecture du manuscrit inquiète et chagrine la vieille soeur Monique qui requiert les compétences de son neveu archéologue pour élucider les mystères de l'Affaire Charon.
L'improbable trio formé par l'archéologue Stéphane Bernou, le père Réginald et le contremaître George Watson, y parviendra au terme d'une nuit mouvementée, suivie de la visite du site archéologique de l'Établissement Charon par d'éminents archéologues venus du monde entier. Cette épopée, en plus de permettre à l'archéologue Bernou d'élucider une affaire vieille de plus de trois cents ans, lui fait découvrir des amitiés nouvelles, et pourquoi pas aussi, un nouvel amour.