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Témoin de la mort de Kanzaki, un des militaires chargés de protéger l'EOD, Nagi se jure de protéger ses camarades, quoi qu'il arrive. Ses premières décisions s'avèrent bonnes, puisqu'il parvient à faire reprendre ses esprits à Yuzuha toute proche du suicide. Les deux compères retrouvent finalement Kuroya et Sakaguchi avant d'atteindre la salle de la bombe. Confiants dans leurs chances de remporter le duel contre la machine avec le programme de Machiko, ils vont faire face à une énorme surprise.Deuxième bombe à azote à désamorcer et début d'une nouvelle étape avec l'apparition d'un protagoniste clé.