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La formalisation mathématique qui caractérise la pensée rationnelle chez Spinoza, permet de définir des modèles pour éclairer les points essentiels de sa philosophie, tels Dieu, les Attributs, les Modes. Elle rend compte inversement de la cohérence de cette réflexion qui suit les critères très stricts d'une telle formalisation. Pour fonder son ontologie, Spinoza reprend les bases de la physique cartésienne, mais dans un esprit tout différent, celui d'une physique dynamique, car l'univers dans lequel elle s'exerce est homogène, symétrique, infini.
L'articulation entre pensée rationnelle et mathématique pose toutefois des difficultés redoutables. Pourtant, c'est au travers de cette tension même que l'on peut mettre en lumière l'absolue unité de la pensée spinoziste.