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Quel est le substrat de la conscience ? Qu'est-ce qui la fait ? Poser la question signifie ne pas se satisfaire de la position naturaliste qui affirme que c'est le cerveau qui produit la conscience. En fait, toute explication qui situe son substrat dans le monde objectif est confrontée à une forme de circularité à la fois ontologique (la conscience est dans le monde qui est dans la conscience) et épistémique (la conscience explique le monde qui explique la conscience).
La phénoménologie transcendantale n'échappe pas à cette circularité. Et le caractère circulaire d'une vision globale de la réalité s'avère rédhibitoire dès lors qu'on est prêt à considérer subjectivité et objectivité sur le même niveau de dignité ontologique. Reste alors l'option d'aborder, sans préjugés, la question du substrat comme problème philosophique. Il s'agit de concevoir le substrat de la conscience comme un domaine d'être à part, situé en amont de toute objectivation.
Un tel substrat est transcendantal, puisqu'il est condition de possibilité de toute connaissance.