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Pour résister à la montée en puissance de goules qui se structurent en groupes toujours plus organisés, le CCG lance le "projet Quinckes" afin de former des inspecteurs qui dépassent en efficacité le célèbre Kisho Arima. Les quatre Quinckes et leur mentor Sasaki sont d'abord rejetés par leurs collègues, mais ils prouvent leur valeur lors de l'opération d'extermination du clan Tsukiyama, qui fait de nombreuses victimes dans les deux camps.
Le CCG, qui compte à présent détruire "Aogiri", découvre que le quartier général de cette organisation se trouve sur l'île de Rushima. À l'occasion de la sortie de son dernier livre, Le Roi Bileygr, la romancière Sen Takatsuki annonce publiquement qu'elle est une goule. Le fossé commence alors à se creuser entre les humains, les goules et le CCG autour de la question du supposé chef d'Aogiri, le "Roi à l'oil écarlate".
Haise Sasaki, de garde à la Cochlée, décide d'attaquer la prison pour libérer Hinami. Alors qu'il s'apprête à s'enfuir avec elle, il se retrouve face à l'inspecteur Kisho Arima armé de la "Chouette", un quinque de niveau SSS. Le combat commence, mais Haise est incapable de résister à son adversaire. Il se plonge alors dans les souvenirs de son ami Hide pour retrouver la force de vivre.