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Les microorganismes eucaryotes sont des protistes ayant en commun une taille invisible à l'oeil nu, mais se différenciant énormément par leurs morphologies, organisations cellulaires, structures, physiologies et modes de reproduction. Les mycètes et les algues microscopiques ont tous deux une structure végétale primitive. Néanmoins, ils se distinguent par la photosynthèse qui n'est présente que chez les algues.
Cette caractéristique rend ces dernières plus développées et autonomes. Les protozoaires, quant à eux, font partie du règne animal et se présentent toujours sous forme unicellulaire dépourvue de paroi. La présente étude permet de caractériser les types de microorganismes eucaryotes et de clarifier leurs différences et leurs similitudes d'un point de vue microbiologique.