Quand Monroe, l'informaticien du lycée, propose à Owen d'utiliser l'Animus, une machine permettant d'explorer le passé de ses ancêtres, l'adolescent y voit le moyen de connaître enfin la vérité sur son père, mort en prison. Au cours de l'expérience, Owen découvre l'existence d'une ancienne et puissante relique dont veulent à tout prix s'emparer deux organisations secrètes : la Confrérie des assassins et l'Ordre des Templiers.
Monroe réunit alors Owen et cinq autres adolescents et les envoie à New York, pendant la guerre de Sécession, avec un objectif : récupérer la relique. Bientôt chacun se retrouve projeté dans le corps de l'un de ces ancêtres, Templier ou assassin.