C'est l'âge d'or de la piraterie et du Nouveau Monde. Attiré par les promesses de fortune de ces temps troublés, Edward Kenway, fils cabochard d'un marchand de laine, rêve de prendre la mer en quête de gloire. Le jour où la chaumière familiale est attaquée, il juge le moment opportun pour fuir sa vie de misère. Très vite, il devient l'un des plus redoutables pirates de son temps. Mais la convoitise, l'ambition et la traîtrise sévissent dans son sillage et, lorsque Kenway découvre l'existence d'un terrible complot qui menace tout ce qui lui est cher, la vengeance devient son nouveau but.
C'est ainsi qu'il va se retrouver propulsé au coeur de la lutte séculaire qui oppose les Assassins et les Templiers.