Owen, Javier, Natalya, Sean, Grace et David : ils sont six, tous adolescents, tous liés par un ADN exceptionnel. Réunis pour trouver une relique au pouvoir inestimable, le trident d'Eden, ils ont été envoyés dans le passé grâce à une machine, l'Animus. Mais cette relique est convoitée par deux organisations secrètes et rivales, la Confrérie des Assassins et l'Ordre des Templiers... Leur combat acharné pour le premier morceau du trident a séparé les adolescents.
Certains sont désormais aux mains des Templiers, d'autres se cachent avec les Assassins. Mais ont-ils pour autant choisi leur camp ? Et comment le choisir ? Lorsqu'ils se retrouvent tous en Mongolie pour s'emparer du deuxième morceau de la relique, une implacable bataille s'engage. Le monde est en danger, et son avenir repose sur les six adolescents...