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Le pêcheur Shinya Shirahama voir un jour débarquer un ami de longue date, Naru Kitagawa, un surfer professionnel qui se remet d'un accident grave. Ce dernier se confie et révèle qu'il a désormais une peur panique de la mer. Shinya va le mettre au pied du mur afin qu'il affronte sa peur. Kôtarô, lui, découvre les extraordinaires ressources de la mer, où les déchets servent parfois d'abri pour la vie.
Ainsi nous est présentée la Méduse à crinière de lion qui, de petit polype, devient plus grande qu'une baleine bleue et distille un poison violent. Kôtarô se voit donc chargé de créer un exposé pour le public sur les déchets habités par ces méduses. Mais c'est en retournant dans son village natal que notre héros va effectuer une plongée inattendue dans son enfance.