Une plongée dans les ténèbres : les certitudes s'évanouissent et les forces du mal règnent. Eragon et sa dragonne, Saphira, sortent à peine de la victoire de Farthen Dûr contre les Urgals, qu'une nouvelle horde de monstres surgit... Ajihad, le chef des Vardens, est tué. Nommée par le Conseil des Anciens, Nasuada, la fille du vieux chef, prend la tête des rebelles. Eragon et Saphira lui prêtent allégeance avant d'entreprendre un long et périlleux voyage vers Ellesméra, le royaume des elfes, où ils doivent suivre leur formation.
Là, ils découvrent avec stupeur qu'Arya est la fille de la reine Islanzadì. Cette dernière leur présente en secret un dragon d'or, Glaedr, chevauché par un Dragonnier, Oromis, qui n'est autre que le Sage-en-Deuil, l'Estropié-qui-est-Tout, le personnage qui était apparu à Eragon lorsqu'il délirait, blessé par l'Ombre. Oromis va devenir leur maître. Le jeune Dragonnier commence sa formation. Mais il n'est pas au bout de ses découvertes.
Des révélations dérangeantes entament sa confiance. Pendant longtemps, Eragon ne saura qui croire. Or, le danger n'est toujours pas écarté : à Carvahall, Roran, son cousin, a engagé le combat contre les Ra'zacs. Ceux-ci, persuadés qu'il détient l'oeuf qu'Eragon avait trouvé sur la Crête, finissent par enlever sa fiancée. Prêt à tout pour la sauver, Roran comprend cependant qu'il n'est pas de taille à les affronter.
Il convainc les villageois de traverser la Crête pour rejoindre les rebelles au Surda, en guerre contre le roi de l'Empire, le cruel Galbatorix.