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Kazuga a intégré l'Académie Genetics pour combattre les Nova, des créatures venues d'une autre dimension. C'est là qu'il rencontre Satellizer, la "reine intouchable", en qui il croit reconnaître sa soeur décédée. Après avoir dû faire face aux défis des Pandora des classes supérieures, les deux jeunes recrues traversent ensemble de nombreuses épreuves. Pour découvrir la véritable nature des Nova, le professeur Aoï lance une nouvelle opération particulièrement audacieuse.
En utilisant l'énergie des Pandora légendaires, il décide d'envoyer l'esprit de Kazuya jusque dans la dimension d'où sont originaires les Nova. Mais pour une raison inconnue, son enveloppe charnelle a également été catapultée dans le monde étrange qu'il est parti explorer.