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Neuchâtel joue un rôle capital dans le processus de réformation religieuse des pays de langue française avant de céder le pas à Genève, réformée en 1536. On peut dire qu'en 1530, elle est la première ville réformée francophone. Son rayonnement est sans proportion avec son importance : elle compte à peine 2 000 habitants au XVIe siècle. Néanmoins on verra avec quelles difficultés la Réforme parvient à s'imposer dans l'ensemble du comté et la seigneurie de Valangin.
Nous verrons les raisons de ce succès et les personnalités ou les puissances politiques à qui on peut l'attribuer : Berne d'abord, l'allié traditionnel, Guillaume Farel, son émissaire, les bourgeois de la ville, désireux de s'affranchir de leur souveraine française Jeanne de Hochberg. Durant presque deux siècles, Neuchâtel constitue une exception : une terre réformée dont le souverain est catholique.
Cette relative autonomie permet à l'Eglise neuchâteloise de se doter de structures, originales elles aussi, qui doivent autant à Genève qu'à Berne, deux modèles antinomiques dans leur rapport au pouvoir politique, notamment dans le domaine de la discipline qui encadre la vie des fidèles.