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Aux XVIe et XVIIe siècles, dans la vice-royauté du Pérou comme en Espagne, l'Inquisition eut pour rôle de lutter contre toutes les hétérodoxies. La couronne les considérait comme une menace sociale et redoutait leur utilisation politique par les puissances ennemies. Celles-ci ne tentaient-elles pas, en les favorisant, de saper les bases de l'immense mais fragile empire espagnol ? L'interdiction formelle faite aux étrangers d'accéder aux Indes occidentales fut loin d'être strictement appliquée.
Afin d'éviter toute contamination hétérodoxe, le tribunal du Saint-Office de Lima se vit donc confier la mission de contrôler et de sanctionner, avec plus ou moins de sévérité selon la conjoncture politique, l'attitude et les agissements des immigrants suspects. Les "discours de vie" prononcés par les inculpés devant les inquisiteurs reflètent les diverses préoccupations qui animèrent pendant deux siècles les pauvres gueux de toute l'Europe attirés par le mirage américain, et les esprits forts à la recherche d'espaces de liberté.
Car à la menace du luthéranisme s'ajouta celle du relativisme sceptique, voire de l'athéisme affiché par certains intellectuels. Face à la justification religieuse de la présence espagnole, celui-ci fut considéré comme le mal absolu.