Dans un avenir proche, un virus extermine en quelques jours la population du continent nord-américain. La communauté internationale réagit en créant l'INGEN, une institution chargée de contrôler toutes les recherches génétiques. Guillaume Beaumont, un jeune prodige français, y est affecté, au département de Yohann Van Helmont, un mystique qui paraît s'intéresser davantage à l'alchimie et à l'histoire des religions qu'à la recherche pure. Une série de meurtres ensanglante soudain la petite communauté, et Van Helmont charge Guillaume de l'enquête. L'origine du Mal est un thriller d'anticipation qui explore la brûlante question des origines de l'homme, darwinisme, créationnisme, intelligent design.