Cinq ans après les événements racontés dans " La bataille des Jedi ", la fragile République doit subir les assauts du Grand Amiral Thrawn. Non seulement celui-ci a pu rassembler derrière lui les restes des forces de l'Empire, mais il a réussi à repousser les Rebelles, grâce à une arme aussi effroyable qu'imparable, les clones soldats. Malgré les efforts de Yan Solo et de son fidèle Chewbacca qui tentent de mettre sur pied une armada composée de contrebandiers de l'espace, l'Empire paraît trop puissant pour que l'on puisse lui résister. Seul espoir : l'envoi d'une petite troupe d'hommes décidés, menés par Luke, au cœur même de la forteresse qui abrite les redoutables clones du Grand Amiral. Mais tapi dans son repaire secret, C'Baoth, le Jedi fou, tire discrètement les ficelles et organise la guerre contre les Rebelles, tandis que s'embrase la galaxie, va commencer l'affrontement ultime entre le Bien et le Mal...