1609 : Christóvão Ferreira, jeune jésuite portugais plein de ferveur chrétienne, débarque à Nagasaki. Ce port est alors un panier de crabes, et le sud du Japon est en train de devenir un terrain où s'affrontent les intérêts impérialistes des Anglais, des Espagnols, des Portugais, des Hollandais, et où s'importent leurs querelles religieuses. Les missionnaires sont rapidement suspects aux yeux des shoguns Tokugawa qui dirigent le pays.
Ferreira est arrêté, torturé. Il doit choisir : mourir en martyr ou travailler dans les rangs de l'Inquisition nippone. Dieu, l'argent, le choc des civilisations, la liberté de commercer et de circuler, la souveraineté des Etats... A quatre siècles de distance, ces problématiques sont les nôtres.