"Les femmes les plus vertueuses ont en elles quelque chose qui n'est jamais chaste". Cette remarque de Balzac peut s'appliquer à Mme de Mortsauf, lys blanc et pavot rouge. Félix de Vandenesse souffre de la réserve d'Henriette et tue pourtant cette femme en l'idéalisant à son corps défendant, en lui imposant une pureté contre laquelle elle se révolte au moment de son agonie. Le Lys dans la vallée est le roman des désirs qui se croisent et des lettres qui ne parviennent pas à créer un véritable échange La longue confession épistolaire de Félix est l'acte manqué qui occasionne la rupture avec Natalie.
Lectrice rebelle, nouvelle maîtresse, bien mal courtisée, déconstruit l'architecture mystico-religieuse échafaudée par Félix. Mais celui-ci n'a-t-il pas été victime d'une exigence tyrannique que suggère l'envoi ? Le Lys dans la vallée est le roman de toutes les ambiguïtés. La blanche Henriette est aussi un stratège politique machiavélique qui apprend à Félix l'art du pouvoir. Alors qu'elle est monarchiste et légitimiste, elle ne peut s'empêcher d'admirer Napoléon.
Roman écrit sous la Monarchie de Juillet, par un auteur qui prône une réforme de l'aristocratie tout en la défendant. Le Lys dans la vallée laisse entrevoir la critique de la Restauration dans une scène de la vie privée.