En l'an 1902, un trois-mâts fait naufrage au large de Skagen, à l'extrême nord du Danemark. Le seul survivant, un marin américain, aux cheveux et aux yeux noirs, est hébergé chez un jeune couple. Le marin disparaît à l'aube, sans laisser de trace. Neuf mois plus tard naît un enfant qui ne ressemble pas aux autres. Tout au long de sa vie, Anthon sera surnommé Tonny, ou l'Américain, et devra supporter les rumeurs persistantes sur ses origines.
Mais sa réussite en tant que patron-pêcheur de haute mer lui permettra de surmonter ce qui est un véritable handicap dans cette petite ville du nord, où chacun est blond et sait d'où il vient. Un siècle plus tard, au cours duquel Skagen est passé d'un gros bourg de pêcheurs aux maisons basses à une ville riche de ses pêcheries industrielles et célèbre par les peintres qui s'y sont installés, un homme roule de nuit le long des dunes, dans le paysage lunaire, balayé par les sables.
Il se sent investi d'un obscur devoir de réhabilitation et veut élucider le mystère qui plane sur les origines de son grand-père, ce secret qui pèse sur la famille depuis quatre générations. Avec une douce ironie scandinave, Le marin américain raconte le destin d'hommes et de femmes ordinaires et remarquables, d'une époque révolue à la vie de nos jours, tout au nord du sauvage Jutland.