Trois nouveaux joueurs débarquent sur le serveur Elementia, un des mondes de Minecraft : Stan, Charlie et Kat. Ensemble, ils se rendent à Astoria, camp d'entraînement pour novices. Mais le roi d'Elementia, King Kev, devient de plus en plus autoritaire et tente de repousser tous les joueurs inexpérimentés : s'ils meurent, ils ne pourront plus revenir dans le jeu. Stan, Charlie et Kat sont bien décidés à renverser le tyran.
Pour cela, ils doivent débusquer sa cache d'armes, aidés par d'autres joueurs révoltés… Mais la cache se situe dans le monde parallèle de The End ; pour l'atteindre, il faut d'abord traverser le dangereux monde du Nether et vaincre de nombreux ennemis…