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L'arrivée en 1891 d'Eugène Guillaume (1822-1905) au poste de directeur, après l'égoïste Hébert, apparut comme une sorte de soulagement. Il avait été directeur de l'Ecole des beaux-arts de 1862 à 1874 et avait donc eu sous sa houlette presque tous les pensionnaires. On le savait probe, austère et tant l'Académie des beaux-arts à laquelle il appartenait que le ministère espéraient avoir enfin un directeur à la hauteur de sa tâche.
Le grand défaut de Guillaume était un goût forcené pour les distinctions et il travailla sans relâche, lorsqu'il fut à Rome, à obtenir un fauteuil à l'Académie française, qu'il obtint en 1898. Son attention pour la villa Médicis fut assez médiocre lors de son premier mandat. Ensuite, ayant obtenu ce qu'il désirait, il tenta vainement de redresser la situation financière catastrophique dans laquelle se trouvait son établissement.
Il n'y parvint pas et sombra dans la sénilité en épousant, à l'insu de sa famille richissime, une jeune gourgandine qu'on s'arrangea pour déposséder.