A la suite d'un cataclysme atomique, l'humanité se trouve réduite à une communauté de quelques milliers de vivants rassemblés sur une île. Persuadés que la prolifération insensée des techniques a provoqué la mort du monde, les survivants, soumis par force à un dramatique retour aux sources, ont inventé une forme de théocratie pastorale. C'est le chef de la communauté, jouissant d'un double pouvoir spirituel et temporel, qui est le narrateur de ce roman d'anticipation, dédié par son auteur à Jules Verne.
Lucide et sans illusions, parvenu à un grand âge, il entame son récit à l'instant où une sécheresse sans précédent menace son peuple. Journal de combat, relation clinique des derniers jours de l'humanité, méditation sur le sens de la vie, de l'histoire et du temps, Les Jardins du désert donnent foi, malgré tout, dans les dernières chances de l'avenir.