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En 1980, la ville de Sen-nen Dani est le théâtre d'enlèvements de sans-abris. Recherchant son ami et père de substitution, Ippei, une montagne de muscles au grand coeur, est attaqué par une mystérieuse créature. Sauvé par Gin-iro Karisome, élégant horloger, il devient Millenium Darling, un cyborg à la puissance démesurée. Grâce à ses nouvelles capacités, Ippei parvient à à détruire la créature responsable de l'enlèvement et du meurtre des sans-abris.
Il ne le sait pas encore mais il vient d'attirer sur lui l'attention des Mécananthropes, d'étranges êtres millénaires issus de l'union de la machine et de l'humain, ainsi que de leur chef, le terrible Neiron.