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Le matérialisme est souvent présenté comme une méthode inhérente aux activités théoriques et expérimentales vies sciences de la nature. L'idée que le scientifique a pour tâche d'expliquer des phénomènes matériels, sans recourir à des entités transcendantes échappant à la vérification empirique, est presque partout solidement établie. D'où vient cette proximité entre sciences et matérialisme détendue par de nombreux scientifiques ? Partir en quête d'un génial précurseur chez qui une vérité méthodologique serait apparue subitement est vain.
Au contraire, ce livre montre que la relation entre le matérialisme et les sciences est un mouvement progressif, qui a commencé à devenir explicite à partir du milieu du XVIIIe siècle en France, lorsque certains naturalistes et philosophes se sont rencontrés et ont échangé différents concepts. De Buffon jusqu'à Lamarck, en passant par Diderot et d'Holbach, chacun a mobilisé les ressources de discours variés pour défendre ses propres objectifs.
Comprendre la proximité entre les sciences et le matérialisme consiste ici à retracer la phylogénie conceptuelle au cours de laquelle des discours physiques et métaphysiques se sont combinés. Mais cette ascendance commune ne doit pas servir de prétexte pour assujettir les sciences, car elle a engendré avec le temps deux registres nettement distincts. Il ne demeure en définitive aujourd'hui qu'un seul caractère partagé entre sciences et matérialisme : l'indépendance vis-à-vis des concepts transcendants.