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Dans un futur lointain, la Terre est soudain envahie par des extraterrestres et des armes de leur création : les formes de vie mécaniques. L'humanité conçoit des soldats androïdes, et une résistance armée se forme. Depuis, le conflit perdure. En 11 941 apr. J.-C., le groupe YoRHa, compose de nouveaux types d'armes décisives à l'apparence d'androïdes féminins, est formé et envoyé au front afin de sortir de cette impasse.
Quel avenir attend ces poupées d'infanterie automatiques qui se battent pour reconquérir la Terre ?