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Au retour de son célèbre voyage, qui a duré près de cinq ans (27 décembre 1831 - 2 octobre 1836), à bord du Beagle, Charles Darwin, tout en préparant la publication de son Journal, classe ses spécimens d'animaux vivants naturalisés ainsi que ses échantillons fossiles, et en confie l'identification et la description savante à plusieurs spécialistes : les Mammifères fossiles sont attribués à Richard Owen, les Oiseaux à John Gould, les Poissons à Leonard Jenyns, les Reptiles à Thomas Bell.
C'est à un jeune naturaliste, George Robert Waterhouse (1810-1888), que Darwin, son aîné d'un an, propose d'expertiser, outre certains insectes, les spécimens de Mammifères — chauves-souris, canidés, félidés, un dauphin et un grand nombre de rongeurs — qu'il a rapportés, conservés avec plus ou moins de bonheur, de ses explorations. Les dix-neuf fascicules qui composent la Zoologie du voyage du H.M.S.
Beagle paraîtront de février 1838 à octobre 1843. Or Darwin est intimement convaincu, depuis le début du printemps de 1837, que les espèces ne sont pas fixes, et entame à partir du mois de juillet de cette même année une recherche secrète visant à le démontrer. Aucun de ses collaborateurs d'alors ne saura qu'il contribue à sa manière à cette démonstration, et Waterhouse, pour sa part, ne s'est pas encore affranchi de la sphère d'influence de la théologie naturelle qui gouverne à l'époque, avec une autorité sans cesse réaffirmée malgré ses adaptations nécessaires, l'histoire et la classification des organismes en Angleterre.
Dans sa préface, Patrick Tort montre comment Darwin, au fil de cette longue publication, et en dépit du respect imposé des convictions académiques, réagit déjà vigoureusement contre les systèmes classificatoires fixistes, tout en examinant avec un intérêt presque diagnostique les tentatives de réforme qu'illustrait alors, entre autres, le système "quinaire" de Macleay.