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L'originalité du travail d'Ernest Coumet en histoire et philosophie des sciences se perçoit dès sa thèse, en 1968, sur l'histoire des combinaisons au début du XVIIe siècle, avant Pascal et Leibniz. Examen subtil de textes et d'auteurs alors inconnus, ou très peu étudiés, comme Marin Mersenne ou Bernard Frenicle de Bessy, et bien d'autres ; réflexions profondes sur le développement des mathématiques et ses ancrages culturels ; chemins nouveaux tracés entre langage, musique et combinatoire à l'époque moderne, s'y enchaînent, donnant à voir, mieux encore que dans ses articles forcément condensés, la pratique de ce grand historien des sciences du XXe siècle.
Restée jusqu'alors inédite, cette thèse témoigne de la pertinence toujours renouvelée de la démarche de Coumet.