1941. Les Einsatzgruppen, unités mobiles nazies, s'enfoncent dans le territoire soviétique. Partout où elles encerclent les villages, tous les hommes, femmes et enfants juifs sont rassemblés, dénudés puis abattus avant d'être enterrés dans des fosses communes. Juin 2002. Le père Patrick Desbois part sur les traces de cette Shoah jusqu'alors ignorée. Village après village, il va recueillir les témoignages de ceux qui ont vu.
Fosse après fosse, il va récolter les preuves et reconstituer les conditions de ces milliers d'assassinats d'une rare sauvagerie. Pour que ces Juifs aient une sépulture digne de l'espèce humaine. Et pour que l'espèce humaine se rappelle qu'elle est aussi capable du pire. Et prenne garde.