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La procédure en manquement d'Etat, qui vise à faire constater les manquements des Etats membres de l'Union européenne, semble difficilement appréhender les questions relatives aux droits fondamentaux. Depuis le début des années 1970, la Cour de justice de l'Union européenne a su poser un cadre protecteur des droits fondamentaux au sein de l'ordre juridique de l'Union européenne et a progressivement imposé leur respect aux Etats membres.
En outre, depuis l'entrée en vigueur du traité de Lisbonne, les dispositions de la Charte des droits fondamentaux ont acquis valeur de droit primaire. Les droits et libertés constituent ainsi des obligations qui incombent aux Etats membres, au sens de l'article 258 du traité sur le fonctionnement de l'Union européenne, qui régit la procédure en manquement d'Etat. Pourtant, ce n'est que récemment que la Commission a pris l'initiative d'engager des procédures d'infraction pour faire constater les manquements des autorités étatiques aux droits fondamentaux.
La Commission européenne semblait pendant longtemps privilégier la mobilisation d'autres instruments juridiques, sans envisager sérieusement l'engagement d'une procédure en manquement d'Etat. Si les procédures en manquement d'Etat tendent aujourd'hui à se multiplier lorsque sont en cause les atteintes aux droits fondamentaux, de nouvelles difficultés peuvent apparaître et restent en grande partie non résolues.
Aussi, lorsque la procédure d'infraction est mise en oeuvre, les dispositions relatives aux droits fondamentaux semblent dans bien des cas demeurer marginales au cours de la procédure et au sein même des arrêts en manquement rendus par la Cour de justice. Faire respecter les droits fondamentaux, c'est également, pour la Cour de justice, les prendre en considération lorsqu'ils sont avancés par les Etats membres en qualité de moyens de défense dans une procédure en manquement.
Pourtant, là encore, la procédure d'infraction semble laisser peu de place aux droits et libertés invoqués par les Etats en cours de procédure. Une telle étude, qui s'inscrit dans une actualité particulièrement riche, doit dès lors être menée avec la plus grande attention.