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Le service de renseignement de l'Empire, et plus particulièrement sa 3e section, est le moins enclin à se rendre sur le champ de bataille. Pourtant, grâce à leur étonnante façon d'appréhender l'ennemi - peu importe les machines qui leur font face, ils s'intéressent aux individus qui les pilotent -, les Pumpkin Scissors sont parvenus à renverser trois des huit graffifias, les chars d'assaut dynamiques de l'Anti-Ares.
La 3e section est ainsi devenue le fer de lance de la lutte contre l'ennemi qui ravage la capitale, en abordant le conflflit sous l'angle de l'humain. De son côté, le caporal Oland mène un rude combat contre lui-même, à la recherche de ses souvenirs perdus. Désormais équipé du Centipède, une arme dont se servait l'unité 901 TAC pendant la guerre, il poursuit sa traque de l'adversaire. En parallèle, l'unité secrète du service de renseignement, "Juggernaut", pour l'heure à l'état de prototype, est envoyée à la capitale.
Théâtre du drame humain de la guerre, au goût de chair, de sang et de métal, la ville est aussi l'objet d'un affrontement plus théorique entre les dirigeants des deux camps...