Brodie, Hunter et Tusia sont de retour à l'École du Code et du Déchiffrage, accompagnés par leur nouvel ami Sheldon. Ils cherchent toujours à décoder le manuscrit de Voynich, mais les pistes se multiplient, et nos apprentis décrypteurs se demandent s'ils finiront un jour par en percer le mystère. D'autant qu'ils viennent de découvrir un message secret caché dans un livre de Shakespeare. S'agirait-il d'une nouvelle clé permettant de décrypter le précieux MS 408 ? Ou serait-ce une fausse piste ? Vaudrait-il mieux pour les quatre adolescents qu'ils abandonnent maintenant ? C'est compter sans la Chambre Noire, qui a juré leur perte.
Brodie et ses amis n'ont plus le choix. Il est trop tard pour reculer.