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L'interprétation des Regulae ad Directionem Ingenii soulève un problème spécifique. La plupart des critiques ont tenté de le comprendre à partir de la problématique du Discours de 1637. D'où d'évidentes impasses, puisque les concepts originaux des Regulae, précisément, disparaissent dans le moment postérieur qu'ils ont rendu pourtant possible. Il restait une voie : déterminer les Regulae comme un dialogue avec un interlocuteur jamais nommé, avec lequel la pensée du jeune Descartes, à l'aurore d'elle-même, devait s'expliquer pour devenir cartésienne ; cet interlocuteur, c'est Aristote.
En retrouvant les textes aristotéliciens qu'interrogent chacune des Regulae on dégage une polémique. Elle contribue déjà à éclairer le point de départ de la doctrine cartésienne de la science. Mais il y a plus : l'épistémologie ne s'établit pas en réfutant une autre épistémologie, mais en récusant l'ontologie d'Aristote. Descartes conquiert donc, avec son épistémologie, rien moins qu'une ontologie, ontologie grise, parce qu'elle ne s'avoue pas comme telle.