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Cid se rend sur la Terre sainte de Lindblum, sur invitation d'Alpha. Alors qu'il participe aux épreuves de la déesse, c'est l'esprit d'Aurora, la sorcière de l'apocalypse ayant autrefois semé le chaos sur le monde, qui est invoqué. Au terme de leur combat, la porte du Sanctuaire s'ouvre alors en réponse aux âmes de Cid et de la jeune femme, tous deux extrêmement puissants. La vérité sur la Possession démoniaque, l'objectif de l'Ordre de Diabolos ainsi que le passé du héros Olivier sont enfin révélés.
Dans ce tourbillon d'intrigues, Cid, le Magelame inconnu, s'élance dans la nuit pour devenir Shadow, l'Eminence de l'Ombre.